事实上， PhoneGap还存在诸多缺点，这些缺点成为PhoneGap代替不了Native APP的重要原因。
1、运行速度慢
PhoneGap集成多了个平台，程序的载入和UI界面的反应都比原生的程序慢，UI反应延时——这是个致命伤
。它实际上还是在展示Web页面，所以载入、页面刷新等肯定是需要一定时间的。这在用户体验上来说PhoneGap依然无法替代原生应用程序。
另外，html、javascript、css都运行在各平台内置浏览器webkit之上，受到webkit处理速度影响。目前来说运行速度比较慢，性能较差。
2、不适合部分程序
如果你的程序需要3D功能，或者对界面刷新有较高的要求，比如类似于游戏的程序现在来说还只是用原生的语言会比较好。PhoneGap支持API还有待在各个平台逐步完善。
3、调用平台资源差
PhoneGap应用程序对平台资源的使用依赖于PhoneGap框架本身，由于PhoneGap是第三方框架，做不到100%调用平台资源，只有依靠PhoneGap的升级满足调用平台资源的需求。比如说，现在版本未能支持视频解码与播放等。
4、内存消耗大
有测试表明，用PhoneGap于android java开发同一个应用。运行PhoneGap应用内存消耗远大于原生态android
java应用。对于频繁操作，释放内存较慢，从而导致内存消耗量飙升。
5、调试难度大
目前PhoneGap可以在控制台输出简单的JS调试日志，但是并不方便。调试js只能选择firefox
firebug调试。
6、开发费用方面
phonegap可以满足web开发人员转入。但由于html5的新发展，对javascript、css的要求更高。所以开发良好用户体验应用，在开发费用上并不太乐观。
